アルミ鍋の内側が黒くなる現象を、黒変化現象と呼んでいます。
黒くなる原因は、アルミニウムと水が反応し水酸化アルミを作って表面に付着することが主な原因です。この物質が、また水の中のミネラル分等と複雑な作用をしてアルミニウムの表面に固着し、黒く見えるのです（褐色に見える場合もあります） 。
このように、水や調理物に含まれる成分によるモノですので、人体への影響を心配する必要はありません。